Trước hết, muốn xây dựng chuồng nuôi dơi muỗi (để lấy phân) phải nắm vững đặc tính sinh hoạt, cách chăm sóc, bảo vệ chúng thì mới giữ được đàn dơi tốt, phải biết coi hướng gió, vị trí nơi dựng chuồng. Phải biết chọn hai hướng gió chính ổn định trong năm là gió Tây nam và gió đông bắc, để cắt hai đầu mái của chuồng tránh bớt gió, mưa tạt, ổn định nhiệt độ...

Đặc tính của dơi nói chung và dơi muỗi nói riêng thường tìm thức ăn về ban đêm và ngủ ban ngày, khi bay về chuồng chúng lượn từ trên cao xuống thấp, rồi vọt lên gác mái chuồng treo thành từng chùm.

Chuồng dơi phải cao từ 7- 8m, có thể dùng 4-8 trụ cột xi măng, cột tràm to đổ mái bằng, trên chòi có mái che, phía dưới có đà ngang, gác bằng tre, cách nhau 0,3- 0,4m để nẹp tre xỏ ngang từ 4-6 lá thốt nốt cho dơi bám nghỉ ban đêm. Nền chuồng láng xi măng hoặc lót bằng nilon để lấy phân.

Nuôi dơi muỗi không phải cho ăn nhưng phải thường xuyên chăm sóc, bảo vệ chúng mới cho năng suất cao. Hàng tuần phải tháo lá thốt nốt xuống để giặt nhằm trừ nấm, rệp sáp bám vào mình dơi, kiểm tra thường xuyên quanh chuồng để loại trừ chuột, rắn, cú mèo... và đặc biệt là khói gây hại cho dơi.

Dơi cho năng suất cao nhất vào đầu mùa mưa (4-6 âm lịch).